Nhà nghiên cứu âm nhạc thế kỷ 19, Gustav Nottebohm lần đầu tiên chỉ ra rằng chủ đề trong chương ba của tác phẩm này có chung chuỗi các quãng như phần mở đầu của chương cuối của bản Giao hưởng số 40 cung Son thứ K.550 của Mozart. Đây là phần mở đầu của Mozart:(nghe (trợ giúp·thông tin))

Trong khi sự giống nhau ngẫu nghiên đôi cũng khi xảy ra trong âm nhạc, trường hợp của Beethoven có vẻ không phải do tình cờ. Nottebohn khám phá ra sự tương đồng này khi xem xét bản nháp mà Beethoven sử dụng để soạn thảo Bản giao hưởng Số 5 và thấy rằng 29 nhịp hợp âm kết thúc của Mozart được Beethoven sao chép lại.[20][21][22]